在工程管理软件中，财务模块是贯穿业务流程终始，串联其他业务的中心模块，更是工程管理软件建设的重中之重。针对工程项目的工程管理软件应用在财务内部控制中存在的问题，可进行下述改进：

（一）培养财务复合型人员

     企业应通过培训、展示等方式，使高级管理人员通晓工程管理软件的功能和效益，强化高级管理人员对工程管理软件实施的重视程度。此外，公司可以建立一套基于工程管理软件的业务办理流程，并对全员进行培训，避免各模块工作人员仅了解自己工作模块而没有全局观念，避免错误的操作发生。

（二）加强内部审计

     内部审计是对财务控制的再控制，是提高财务控制绩效的有效手段。因此，工程项目需要定期进行内部审计。首先，根据员工职位设置信息查询范围和操作权限，审计人员审计各员工的职能权限设置是否合理，降低员工的舞弊风险。其次，在工程管理软件中，所有的数据都是从原始数据的录入开始的，审计人员应       当对原始数据进行审计，对在工程管理软件中录入的原始数据进行抽查。最后，审计人员应当审计工程管理软件的参数设置，工程管理软件参数设置的正确与否直接决定着工程管理软件是否契合企业发展的方向与目标。